История Университета Моцартеум восходит к 1841 году, когда в Зальцбурге стараниями вдовы В. А. Моцарта Констанции Вебер Моцарт (1762–1842) было основано Соборное музыкальное общество и Моцартеум (Dommusikverein und Mozarteum).

В 1881 году Моцартеум перешел в ведение Международного культурного фонда «Моцартеум», основанного в 1870 году. В 1914 году Моцартеуму был присвоен статус консерватории, а в 1939 году он был преобразован в государственное высшее учебное заведение. С 1998 года является университетом.